Câu chuyện xoay quanh việc chữa bệnh cứu người và những vấn đề y khoa, trong đó nhân vật chính là Black Jack, một bác sĩ tài giỏi nhưng “quái dị”. Điểm đặc biệt của anh chính là một vết sẹo dài trên khuôn mặt mà bất cứ ai trông thấy cũng phải khiếp sợ. Những người bệnh tìm đến anh đa số là những người, hoặc người thân họ, mắc những căn bệnh lạ hay bệnh hiểm nghèo mà không có vị bác sĩ nào có thể chữa được. Họ tìm đến anh với hy vọng anh dùng tài phẫu thuật kỳ diệu của mình để giữ lại mạng sống cho họ. Mỗi tập truyện là những câu chuyện xoay quanh việc chữa trị bệnh có một không hai của bác sĩ quái dị Black Jack. Qua đó, bạn đọc được chứng kiến công việc cực nhọc, những cuộc phẫu thuật đẫm mồ hôi và cả những lúc đứng trước quyết định sinh tử của một bác sĩ. Chính nhờ đó, câu chuyện của bác sĩ Black Jack đã truyền cảm hứng cho nhiều bạn đọc truyền tranh trong việc theo đuổi đam mê nghề y của mình.
Bộ truyện phù hợp với lứa tuổi cấp 2 trở lên; đặc biệt cho những ai đã từng yêu Bác sĩ quái dị của những năm 90 có cơ hội đọc lại và sưu tầm bản bìa cứng.