Truyền thuyết Mỵ Châu-Trọng Thủy không chỉ là lời giải thích cho sự hình thành của thành Cổ Loa, cho nguyên nhân mất nước của An Dương Vương cùng với bài học lịch sử trong việc dựng nước và giữ nước mà đó còn là lời giải thích cho sự tích về ngọc trai và giếng Trọng Thủy. Tương truyền, máu của Mị Châu chảy xuống biển Đông, "trai sò ăn phải đều biến thành hạt châu", đó như là lời tri ân của nhân dân đối với một cô công chúa tội nghiệp, vì ngây thơ mà làm mất đi cả một quốc gia. Rồi Trọng Thủy - một kẻ gián điệp, gián tiếp gây nên cái chết cho vợ, khi đi tắm ở giếng, "tưởng thấy bóng dáng Mị Châu, bèn lao đầu xuống giếng mà chết". Đây là cái kết cho những kẻ gian trá, giả dối, mượn lòng tin của kẻ khác để đạt được mục đích của mình.
Thế nhưng, chúng ta luôn thấy được một sự nhân đạo vô cùng cao cả của nhân dân dành cho những con người trong câu chuyện này. Mặc dù cả Mị Châu và Trọng Thủy đều phải chết để đền tội cho tội lỗi của mình, nhưng nhân dân lao động vẫn để họ được gặp lại nhau khi mà "người đời sau mò được ngọc ở biển Đông, lấy nước giếng này mà rửa thì thấy trong sáng hơn". Câu chuyện cũng là lời giải thích cho sự tích ngọc trai và nước giếng Trọng Thủy.